Medix-palkinto 2007 Helsingin yliopiston monitieteelliselle tutkijaryhmälle
Geenien toiminnan säätely selvitetään tietokoneohjelman avulla
Tiedote 17.12.
Helsingin Yliopiston kansleri Kari Raivio luovutti 20 000 euron suuruisen Medix -palkinnon professori Jussi Taipaleen ja professori Esko Ukkosen johtamille tutkimusryhmille Suomen Tiedeseuran kuukausikokouksen yhteydessä. Palkinto luovutettiin tänä vuonna 20:nnen kerran. Nyt palkitaan paras Suomessa biolääketieteen tai kliinisen tutkimuksen alalta vuonna 2006 julkaistu artikkeli. Palkinnon lahjoittaja on Oy Medix Ab, jonka pääomistaja on Minervasäätiö.
Geenien toiminta on tarkasti säädeltyä: geenit ilmenevät tietyissä soluissa tarkkaan määrätyllä hetkellä. Tämän säätelyn logiikan selvittäminen on biologinen peruskysymys, joka on vielä vailla
vastausta. Professori Jussi Taipaleen ja professori Esko Ukkosen johtama monitieteellinen tutkijaryhmä on selvittänyt, miten DNA-sekvenssistä voidaan tunnistaa geenien ilmentymistä sääteleviä alueita. Tutkimukseen osallistui molekyylibiologeja, kehitysbiologeja ja tietojenkäsittelytieteen tutkijoita Helsingin yliopistosta. Projektissa mukana olleet tutkijat kuuluivat kolmeen Suomen Akatemian huippuyksikköön: genomitiedon hyödyntämisen, datasta tietoon sekä
kehitysbiologian huippuyksikköön. Tutkimus julkaistiin tammikuussa 2006 arvovaltaisessa Cell -tiedelehdessä.
Jo vuodesta 1966 on tunnettu koodi, jolla DNA koodaa proteiinien rakennuspalikoita, aminohappoja. Koodin perusteella on pystytty tunnistamaan genomisesta DNA-sekvenssistä uusia geenejä ja ennustamaan esimerkiksi ihmisen geenien kokonaismäärää. Tällaista koodaavaa sekvenssiä on perimästämme kuitenkin vain noin yksi prosentti. Tarvitaan uutta tietoa ja uutta ?kieliopin? tuntemusta, jotta voidaan selvittää, mitä muita toimintoja ja tehtäviä on lopulla 99 prosentilla genomimme DNA-sekvenssistä.
Professori Taipaleen tutkimusryhmässä on tutkittu sekvenssejä, jotka säätelevät geenien ilmentymistä. Geenien toiminnan aktivoimiseksi tarvitaan niin sanottuja transkriptiotekijöitä, jotka ovat DNA:han sitoutuvia proteiineja. Taipaleen ryhmässä on tutkittu, millaisiin sekvensseihin nämä transkriptiotekijät sitoutuvat. Biologit ja tietojenkäsittelytieteen tutkijat kehittivät yhteistyössä
EEL-tietokoneohjelman (enhancer element locator), joka etsii genomisesta DNA-sekvenssistä alueita, joihin sitoutuu paljon transkriptiotekijöitä vierekkäin. Jos samoja transkriptiotekijöitä sitova DNA-alue löytyy useilta eläinlajeilta, tämä alue toimii todennäköisesti geenien ilmenemisen säätelyelementtinä.
Tutkijat osoittivat, että ennustetut säätelyalueet ohjaavat merkkigeenin ilmentymistä siirtogeenisessä hiiressä, ja he pystyivät ennustamaan säätelyelementtejä genominlaajuisesti useille eläinlajeille.
Tutkimuksessa olivat mukana Outi Hallikas ja Reetta Rautiainen professori Jussi Taipaleen tutkimusryhmästä Biomedicum Helsingistä, Natalia Sinjushina dosentti Juha Partasen ryhmästä Biotekniikan instituutista sekä Kimmo Palin professori Esko Ukkosen ryhmästä Helsingin yliopiston tietojenkäsittelytieteen laitokselta. Tutkimusta rahoittivat Suomen Akatemia, Euroopan unionin kuudennen puiteohjelman hankkeet BioSapiens ja Regulatory Genomics, Magnus Ehrnroothin säätiö,
Biomedicum Helsinki, Helsingin yliopisto, Sigrid Juseliuksen säätiö ja Syöpäsäätiö.
Palkinnon lahjoittaja on Oy Medix Ab, jonka omistavat Minervasäätiö, Folkhälsanin Tutkimussäätiö ja Liv och Hälsa r.f.. Medix-yhtiöihin kuuluvat johtava yksityinen kliininen keskuslaboratorio, Medix
Laboratoriot Oy, lääkäriasema Oy Femeda Ab sekä maailmanlaajuisesti monoklonaalisia vasta-aineita ja diagnostisia testejä vievä Oy Medix Biochemica Ab. Medix-palkinto biotieteitä varten on myönnetty vuodesta 1988 alkaen.
Palkinnon voittajan valitsi asiantuntijatoimikunta prof. Carl G. Gahmberg (Helsingin yliopisto), prof. Mikko Hurme (Tampereen yliopisto), prof. Juhani Jänne (Kuopion yliopisto), prof. Seppo Meri (Helsingin yliopisto), prof. Vilho Myllylä (Oulun yliopisto) ja prof. Dan Lindholm (Lääketieteellinen tutkimuslaitos Minerva).
Lisätietoja: Professori Jussi Taipale, puh (09) 1912 5556, jussi.taipale@helsinki.fi sekä Kaj Lybeck, puh. (09) 525 6527, kaj.lybeck@medix.fi .
Medix-palkinto on myönnetty Jussi Taipaleen koordinoimaan tutkijaryhmään, jossa toimivat Outi Hallikas, Kimmo Palin, Natalia Sinjushina, Reetta Rautiainen, Juha Partanen sekä Esko Ukkonen.