Tiedonhallinnassa laitos seuraa keskeistä lainsäädäntöä sekä yliopiston antamia ohjeita (ks. tarkemmin yliopiston toimintakäsikirja) että valtiovarainministeriön ohjeita.

Arkistonmuodostusjärjestelmästä löytyy tietoa säilytysohjeineen. Helsingin yliopiston arkistojohtosäännössä määrätään arkistotoimen organisoinnista, asiakirjojen käsittelystä, säilyttämisestä sekä hävittämisestä. Siinä määritellään myös vastuutahot asiakirjan elinkaaren eri vaihessa. Jokainen Helsingin yliopiston palveluksessa tai virassa oleva on vastuussa hallussaan olevista asiakirjoista ja tiedoista.

Laitoksen johtoryhmän päätöksistä pidetään pöytäkirjoja, jotka ovat luettavissa laitoksen www-sivuilla. Johtoryhmän kokouksessa 13/08 päätetyn toimintamallin mukaan esityslistat ja pöytäkirjat sisältävät vain rajoittamattomasti julkista materiaalia ja ovat kaikkien saatavilla. Rajoitetusti julkinen tai arkaluontoisempi materiaali esitetään kokousasiakirjojen liitteissä.

Laitos käyttää tiedonhallintaan valtionhallinnon ja yliopiston järjestelmiä sekä joitakin omia järjestelmiä. Mm. seuraavat sähköiset järjestelmät ovat käytössä:

• opintoasiat, yleiset: Opiskelijarekisteri (Oodi), Sähköiset opinnäytteet (E-thesis)
• opintoasiat, laitoksen kehittämät: Opetustietokanta (sisäistä opetussuunnittelua varten), Ilmoittautumisjärjestelmä (Ilmo), Kurssikirjanpitojärjestelmä (Kurki), Opintojensuunnittelujärjestelmä (Desmond), Graduhallintotietokanta, Kurssipalautejärjestelmä
• talousasiat: Ostoslaskut (Rondo), Tietovarasto (Ilmi), Yleislaskutusohjelma (Pro eLaskutus), Matkalaskujärjestelmä (WebTraveller), Työajanseuranta (SoleTM)
• tutkimusasiat: Julkaisut (JULKI), Tutkimushankkeet (TUHTI), Muu tieteellinen toiminta (MUTI), Asiantuntijat (ASTI), Yhteiskunnallinen vaikuttaminen (YHTI) ja Patentit (PATENTTI)
• henkilöstöasiat: Palkka- ja henkilöstöhallinto (Personec F), Tietovarasto (Ilmi)
• yleishallinto: Optimaze, Laitoksen työtilajärjestelmä (Nero)

Laitos huolehtii sekä tietosuojasta että tietoturvallisuudesta. Laitoksen rekisteriselosteet ovat osoitteessa http://www.cs.helsinki.fi/rekisteriselosteet/.