Galaksit eivät ole jakautuneet avaruuteen tasaisesti, vaan muodostavat eri kokoisia järjestelmiä: galaksipareja, pieniä ryhmiä, isoja joukkoja, useiden ryhmien ja joukkojen muodostamia superjoukkoja.
On olemassa galakseja, jotka kiertävät toisiaan yhteisen painopisteen ympäri. Yleinen järjestelmä on yksi iso galaksi, jota kiertää yksi tai useampia pieniä galakseja. Esimerkiksi Linnunradalla on kiertolaisina kaksi epäsäännöllistä kääpiögalaksia. Meitä lähimmällä spiraaligalaksilla Andromedalla on myös kaksi kääpiögalaksia kiertolaisinaan.
Lähekkäisillä galakseilla vuorovesivoimat saattavat muuttaa galaksien muotoa, jolloin seurauksena saattaa olla esim. "häntiä" galakseissa. Joissain tapauksissa tähtiä ja tähtienvälistä ainetta virtaa galaksista toiseen. Ilmiö on sama kuin lähekkäisissä kaksoistähdissä (ks. Tähdet 5.3).
Tavallisin galaksijärjestelmien muoto on pieni, muutaman kymmenen galaksin epäsäännöllinen ryhmä. Tyypillinen esimerkki tästä on paikallinen galaksiryhmä, johon kuuluu Linnunradan lisäksi spiraaligalaksi Andromeda, jolla on myös kaksi kääpiöseuralaista, ja pienehkö spiraaligalaksi. Loput paikallisen ryhmän noin 30 jäsenestä ovat kääpiögalakseja; näistä noin 12 on kääpiöellipsejä ja 8 epäsäännöllisiä. Paikallisen ryhmän läpimitta on noin 4 miljoonaa valovuotta.
Galaksijärjestelmää sanotaan galaksijoukoksi kun siinä on suuri määrä (ainakin 50) galakseja. Galaksijoukkojen säteet vaihtelevat välillä 6 - 16 miljoonaa valovuotta. Meitä lähin galaksijoukko on Virgon galaksijoukko, jonka etäisyys on noin 50 miljoonaa valovuotta. Suuret galaksijoukot voivat sisältää useita tuhansia galakseja.
Galaksijoukot ja -ryhmät voivat muodostaa vielä laajempia järjestelmiä, superjoukkoja. Esimerkiksi paikallinen ryhmä kuuluu paikalliseen superjoukkoon. Tämän keskellä on suuri Virgon galaksijoukko ja sen ympärillä useita kymmeniä pienempiä galaksiryhmiä ja -joukkoja. Superjoukkojen läpimitat ovat noin 60 miljoonaa valovuotta. Tässä mittakaavassa ei kuitenkaan enää ole selvää, voidaanko järkevästi puhua yksittäisistä systeemeistä.