Curriculum Vitae
- Nimi:
- Jouni Leo Tapio Sirén
- Syntymäaika:
- 28.6.1979
Yhteystiedot
- Sähköposti:
- jouni.siren@iki.fi (yksityinen)
jltsiren@gmail.com (Viite)
jouni.siren@cs.helsinki.fi (työ)
- Kotisivu:
- http://iki.fi/jouni.siren/
- Puhelin:
- 040 518 4567
- Skype:
- jltsiren
- Osoite:
- Döbelninkatu
5 B 23
00260 Helsinki
Koulutus
-
Tietojenkäsittelytieteen jatko-opiskelija, Helsingin yliopisto, 10/2007 -
- Filosofian maisteri (tietojenkäsittelytiede), Helsingin yliopisto, 9/2007
- Ylioppilastutkinto Suomalais-venäläisestä koulusta keväällä 1998
Työkokemus
-
Helsingin yliopiston tietojenkäsittelytieteen laitos
-
Succinct Data Structures
- Tohtorikoulutettava 1/2009 -
- Apurahatutkija 4/2008 - 12/2008
- Projektitutkija 1/2008 - 2/2008
- Tutkimusavustaja 8/2007 - 12/2007
-
Opetustehtäviä, 2001 - 2011
- 30 kurssin laskuharjoitukset
- 10 harjoitustyökurssia
- Assistentti 1/2002 - 7/2004
- Tutkimusavustaja, From
Data to Knowledge, 5/2001 - 12/2001
-
Helsinki Institute for Information Technology
-
Harjoittelija, TietoEnator Energia, 5/2000 - 8/2000
-
Kesäharjoittelija, opetusministeriö, 6/1997 - 7/1997
Julkaisut
-
Paolo Ferragina, Jouni Sirén, and Rossano Venturini:
Distribution-Aware Compressed Full-Text Indexes.
Proc. ESA 2011,
Springer LNCS 6942, pp. 760-771,
Saarbrücken, Germany, September 5-7, 2011.
-
Jouni Sirén, Niko Välimäki, and Veli Mäkinen:
Indexing Finite Language Representation of Population Genotypes.
Proc. WABI 2011,
Springer LNCS 6833, pp. 270-281,
Saarbrücken, Germany, September 5-7, 2011.
-
Jouni Sirén:
Sampled Longest Common Prefix Array.
Proc. CPM 2010,
Springer LNCS 6129, pp. 227-237,
New York, USA, June 21-23, 2010.
-
Veli Mäkinen, Gonzalo Navarro, Jouni Sirén, and Niko Välimäki:
Storage and Retrieval of Highly Repetitive Sequence Collections.
Journal of Computational Biology 17(3):281-308, 2010.
-
Diego Arroyuelo, Francisco Claude, Sebastian Maneth, Veli Mäkinen, Gonzalo Navarro, Kim Nguyên, Jouni Sirén, and Niko Välimäki:
Fast In-Memory XPath Search using Compressed Indexes.
Proc. ICDE 2010,
IEEE, pp. 417-428,
Long Beach, California, USA, March 1-6, 2010.
-
Jouni Sirén:
Compressed Suffix Arrays for Massive Data.
Proc. SPIRE 2009,
Springer LNCS 5721, pp. 63-74,
Saariselkä, Finland, August 25-27, 2009.
-
Veli Mäkinen, Gonzalo Navarro, Jouni Sirén, and Niko Välimäki:
Storage and Retrieval of Individual Genomes.
Proc. RECOMB 2009,
Springer LNCS 5541, pp. 121-137,
Tucson, Arizona, USA, May 18-21, 2009.
-
Jouni Sirén, Niko Välimäki, Veli Mäkinen, and Gonzalo Navarro:
Run-Length Compressed Indexes Are Superior for Highly Repetitive
Sequence Collections.
Proc. SPIRE 2008,
Springer LNCS 5280, pp. 164-175,
Melbourne, Australia, November 10-12, 2008.
Muu tieteellinen toiminta
- Järjestelytoimikunta: CPM 2012
-
Ulkopuolinen arvioija
-
Lehdet:
IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics,
Bioinformatics,
EURASIP Journal on Bioinformatics and Systems Biology,
Information Processing Letters,
Journal of Combinatorial Mathematics and Combinatorial Computing,
Journal of Experimental Algorithms,
Theoretical Computer Science
-
Konferenssit:
AAAI 2010,
CPM 2008,
CPM 2011,
SPIRE 2009,
SPIRE 2010,
SWAT 2010
- Nokia Scholarship, Nokia Oyj:n Säätiö, 2010
- Nuoren tutkijan apuraha, Helsingin yliopiston tiedesäätiö, 2008
Järjestötoimintaa ja luottamustehtäviä
-
Helsingin yliopisto
- henkilöstöpoliittisen ohjelman seurantaryhmä 2007 - 2009
- tietosuojaryhmä 2006 - 2007
- ML-tiedekunnan tutkinnonuudistustoimikunta 2003 - 2005
- TKTL:n tutkinnonuudistustyöryhmä 2003 - 2005
-
Helsingin yliopiston ylioppilaskunta
- edustajiston jäsen 2004, varajäsen 2005 - 2007
- keskusvaalilautakunnan varajäsen 2009
- opintovaliokunta 2003 - 2009 (pj 2007), talousvaliokunta 2004 - 2005, järjestövaliokunta 2005 - 2007, sosiaalipoliittinen valiokunta 2007
- tulevaisuusryhmä 2008, jatko-opiskelijatyöryhmä 2009 - 2010, jatkuvuustoimikunta 2011
-
HYY Yhtymä
- hallintoneuvosto 2006 - 2007
- kiinteistöjohtokunta 2005
-
Ropecon - Pohjoismaiden suurin
roolipelitapahtuma
- järjestelytoimikunta 2002 - 2006, 2008 - 2012 (pääjärjestäjä 2006, 2011)
- hallituksessa 2002 - 2008 (pj 2004)
-
Viite - Tieteen ja teknologian vihreät
- hallituksessa 2011 - 2012
-
Luottamustehtäviä opiskelijajärjestöissä
Muuta
- Harrastuksia: elokuvat, järjestötoiminta, matkailu, roolipelit
- Kielitaito: suomi (äidinkieli), englanti, venäjä, virkamiesruotsi
- Tietojenkäsittelytieteen tutkijalinja, syksy 2000 - kevät 2002
-
Varusmiespalvelus Viestirykmentissä Riihimäellä, kesä 1998 - kesä 1999