Ensi keväästä alkaen muun muassa laitoksella toimivaan bioinformatiikan maisteriohjelmaan voi hakeutua lähes yhtä helposti kuin erikoistumislinjoille: Tiedekunnassa on päätetty laajentaa koulutusohjelmien vaihtomahdollisuus koskemaan maisteriohjelmia, jolloin esimerkiksi tietojenkäsittelytieteeessä luonnontieteiden kandidaatin tutkinnon suorittanut voi hakea vaihtoa tietojenkäsittelytieteen koulutusohjelmasta vaikkapa bioinformatiikan maisteriohjelmaan heti kun on suorittanut 20 op maisteriohjelman tutkintovaatimusten mukaisia opintoja. Vaihtomahdollisuus on rajattu tässä tiedekunnassa LuK tutkinnon suorittaneisiin.

Uudistuksen tavoite on asettaa maisteriohjelmat mahdollisimman yhtäläiseen asemaan erikoistumislinjojen kanssa kandidaatin tutkinnon jälkeisenä opintopolkuna. Nythän erikoistumislinjoille voi siirtyä suoraan, kun maisteriohjelmiin pitää hakea erillisvalinnassa, joka on räätälöity kansainvälisille opiskelijoille. Kansainvälisyysaspekti on ollut vuosia varsin dominoiva monitieteellisten maisteriohjelmien kohdalla, ja on synnyttänyt vääränlaisen kuvan ohjelmien perimmäisestä tarkoituksesta: Tarkoitus on ollut tarjota uusia monitieteellisiä opintopolkuja kaikille tällaisista opinnoista kiinnostuneille. 

Miten vaihto maisteriohjelmaan sitten tapahtuu? Otetaan esimerkiksi ensimmäisen vuoden opiskelija Sanna Sekvenssi, joka lukiossa haaveili biologin urasta, mutta jostain syystä löysi itsensä tietojenkäsittelytieteen laitokselta. Hän opiskelee vaaditut pakolliset opinnot tekemällä kandidaatin tutkielman bioinformatiikka-aiheesta, ottaa valinnaisesti pakollisiin mm. kurssin Algorithms for Bioinformatics, paljon matematiikkaa ja tilastotiedettä, ja kenties toisen sivuaineen biologiasta. Kandintutkinnon jälkeen Sanna ottaa syventäviä kursseja (ja niiin littyviä harjoitustöitä) kuten Introduction to machine learning, String processing algorithms, Biological sequence analysis, ja Genetic analysis and molecular evolution. Näistä tulee 20 op bioinformatiikan maisteriohjelman tutkintovaatimusten mukaisia opintoja, jolloin Sanna päättää hakea vaihtoa maisteriohjelmaan täyttämällä yksinkertaisen lomakkeen missä pitää muutamalla rivillä perustella miksi haluaa vaihtaa ohjelmaa. Sannan hakemus on vakuuttava hyvine kurssisuorituksineen ja valinnassa ei ole mitään epäselvyyttä. Joka tapauksessa Sannan siihen astinen kurssivalikoima käy myös laitoksen algoritmien ja koneoppimisen erikoistumislinjan tutkintovaatimuksiin, joten Sannalla on valinnanvaraa päättää mihin suuntaan opintojaan jatkaa.

Ensimmäisen kerran vaihtomahdollisuutta voi käyttää keväällä 2013. Tarkemmat ohjeet tulevat löytymään hyvissä ajoin tiedekunnan sivuilta (ts. nykyinen lomake koulutusohjelman vaihdosta, http://www.helsinki.fi/ml/lomakkeet/kovaihto.pdf, tulee päivittymään maisteriohjelmavaíhdon osalta).