Simulation and graph mining tools for improving gene mapping efficiency

Tapahtuman tyyppi: 
Väitöstilaisuus
Väitöstilaisuus
Väittelijä: 
FM Petteri Hintsanen
Vastaväittäjä: 
Professori Michael Berthold, Universität Konstanz
Kustos: 
Professori Hannu Toivonen, Helsingin yliopisto
Aika: 
30.09.2011 - 12:00 - 16:00
Paikka: 
Helsingin yliopiston päärakennus, Auditorium XIV, Unioninkatu 34
Kuvaus: 

FM Petteri Hintsanen väittelee perjantaina 30.9.2011 klo 12 Helsingin yliopiston matemaattis-luonnontieteellisessä tiedekunnassa aiheesta "Simulation and graph mining tools for improving gene mapping efficiency". Tutkimus kuulu tietojenkäsittelytieteen alaan ja erityisesti tiedonlouhintaan. Kustoksena toimii professori Hannu Toivonen ja vastaväittäjänä professori Michael Berthold, Universität Konstanz.

Tiivistelmä:

Geenikartoitus on organismin havaittaviin piirteisiin vaikuttavien geenien järjestelmällistä etsintää perimästä. Väitöskirjassa esitetään uusia menetelmiä, joilla voidaan tehostaa sairauksille altistavien geenien kartoitusta.

Väitöskirjan alussa tarkastellaan perimän simulointia (tyypillisesti maantieteellisesti) eristäytyneissä populaatioissa ja esitetään tarkoitukseen soveltuva uusi  simulaattoriohjelmisto. Simuloidut aineistot ovat hyödyllisiä tutkimussuunnittelussa, jolloin niillä voidaan arvioida suunniteltujen aineistojen tilastollisia ominaisuuksia sekä käytettävien analysointimenetelmien toimintaa. Esimerkkinä tällaisesta tutkimuksesta työssä käydään läpi esitetyllä ohjelmistolla tehty laajahko simulaatiotutkimus. Tulosten perusteella väestöpohjainen tapaus-verrokkitutkimusasetelma vaikuttaa olevan tilastollisesti voimakas vaihtoehto kalliimmille perhe- ja sukupuupohjaisille asetelmille.

Toinen osa väitöskirjaa käsittelee mahdollisesti sairauksille altistavien ns. ehdokasgeenien pisteytystä sen mukaan, kuinka vahvat yhteydet niillä on tutkittavaan sairauteen. Pisteytys on tärkeää, koska alustavat aineiston tarkastelut tuottavat tyypillisesti runsaasti ehdokasgeenejä, joiden kaikkien läpikäynti olisi liian työlästä. Pisteytyksellä jatkotutkimukset voidaan kohdistaa lupaavimpiin ehdokkaisiin. Työssä esitetään kuinka tällä hetkellä erillissä tietokannoissa oleva biologinen tieto  voidaan esittää yhteinäisessä verkkomuodossa. Lisäksi näytetään kuinka tällaisesta aineistosta voidaan etsiä ehdokasgeenien ja tutkittavan sairauden välisiä yhteyksiä ja pisteyttää niitä verkonlouhinta-algoritmien avulla.

Lopuksi työssä esitetään luotettavan aliverkon eristämisongelma ja algoritmeja sen ratkaisemiseen. Ongelmassa tavoitteena on poimia suuresta verkosta suhteellisen pieni aliverkko, joka sisältää vahvoja ja toisistaan riippumattomia yhteyksiä kahden annetun verkon solmun välillä. Siten luotettavat aliverkot soveltuvat erityisen hyvin löydettyjen yhteyksien kuvalliseen esittämiseen. Luotettavia aliverkkoja voidaan soveltaa perinnöllisyystieteen lisäksi myös muilla aloilla, kuten sosiaalisten verkkojen analyysissä.
 

06.09.2011 - 15:07 Pirjo Moen
05.09.2011 - 11:19 Marina Kurtén