Tässä listassa on ehdotuksia tieteellisen kirjoittamisen kurssin bioinformatiikan ryhmän aiheiksi. Valitse listalta joitain kandidaattiaiheita. Listan aiheet ovat suuntaa-antavia; lopullinen rajaus ja otsikko sovitaan kurssin kuluessa. Aiheissa on myös geneerisiä algoritmi- ja tietorakenneaiheita.

Voit myös ehdottaa omaa aihettasi. Oma aihe on kaikkein paras vaihtoehto, kunhan se sopii ryhmän aihepiiriin ja siitä löytyy riittävästi sopivaa materiaalia.

Listalla on kustakin aiheesta mainittu muutama lähdeartikkeli tai kirja, joiden kautta voi päästä helpommin aihepiiriin kiinni. Artikkelin ei kuitenkaan ole pakko olla jokin alla listatuista.

Sekvensointidatan linjausalgoritmit

  A survey of sequence alignment algorithms for next-generation sequencing.
  Li H, Homer N.
  Brief Bioinform. 2010 Sep;11(5):473-83. Epub 2010 May 11.
  doi:10.1093/bib/bbq015

  Tools for mapping high-throughput sequencing data.
  Fonseca NA, Rung J, Brazma A, Marioni JC.
  Bioinformatics. 2012. Epub 2012 Oct 11.
  doi: 10.1093/bioinformatics/bts605

RNA-sekvensointi

  Computational methods for transcriptome annotation and
  quantification using RNA-seq.
  Garber M, Grabherr MG, Guttman M, Trapnell C.
  Nat Methods. 2011 Jun;8(6):469-77. Epub 2011 May 27.
  doi:10.1038/nmeth.1613

ChIP-seq

  Computation for ChIP-seq and RNA-seq studies.
  Pepke S, Wold B, Mortazavi A.
  Nat Methods. 2009 Nov;6(11 Suppl):S22-32.
  doi:10.1038/nmeth.1371

Differentiaaliekspressio RNA-sekvensointidatasta

  Models for transcript quantification from RNA-Seq
  Lior Pachter
  http://arxiv.org/abs/1104.3889

Genomiassembly

  Next-generation transcriptome assembly.
  Martin JA, Wang Z.
  Nat Rev Genet. 2011 Sep 7;12(10):671-82. doi: 10.1038/nrg3068.
  doi:10.1038/nrg3068

  De novo assembly of short sequence reads.
  Paszkiewicz K, Studholme DJ.
  Brief Bioinform. 2010 Sep;11(5):457-72. Epub 2010 Aug 19.
  doi:10.1093/bib/bbq020

Geenisäätelyverkkojen rekonstruktio

  Advantages and limitations of current network inference methods.
  De Smet R, Marchal K.
  Nat Rev Microbiol. 2010 Oct;8(10):717-29. Epub 2010 Aug 31.
  doi:10.1038/nrmicro2419

  Revealing strengths and weaknesses of methods for gene network inference.
  Marbach D, Prill RJ, Schaffter T, Mattiussi C, Floreano D, Stolovitzky G.
  Proc Natl Acad Sci U S A. 2010 Apr 6;107(14):6286-91. Epub 2010 Mar 22.
  doi: 10.1073/pnas.0913357107

Metagenomiikkaa

  A primer on metagenomics.
  Wooley JC, Godzik A, Friedberg I.
  PLoS Comput Biol. 2010 Feb 26;6(2):e1000667.
  doi:10.1371/journal.pcbi.1000667

Tietorakenteiden tiivistys

  Succinct Static Data Structures. 
  Jacobson G.
  PhD thesis, Carnegie Mellon University, 1989.

  Opportunistic data structures with applications.
  Ferragina P, Manzini G.
  Foundations of Computer Science, 2000. Proceedings. 41st Annual Symposium on. IEEE, 2000.

  Indexing compressed text.
  Ferragina P, Manzini G.
  Journal of the ACM (JACM) 52.4 (2005): 552-581.

Hahmonsovitus merkkijonoissa

  Jewels of Stringology.
  Crochemore M, Rytter W.
  World Scientific, Singapore, 2002.

  Fast pattern matching in strings.
  Knuth DE, Morris JH, Pratt VR.
  SIAM Journal on Computing, 6(2):323–350, 1977.

Staattisen tekstin indeksointi loppuosatietorakenteilla

  Suffix arrays: A new method for on-line string searches.
  Manber U, Myers EW.
  SIAM Journal on Computing, 22(5):935–948, 1993.

Burrows-Wheeler-muunnos

  A block-sorting lossless data compression algorithm.
  Burrows M, Wheeler DJ. 
  Technical report 124, Palo Alto, CA, Digital Equipment Corporation (1994).

  An analysis of the Burrows—Wheeler transform.
  Manzini G.
  Journal of the ACM (JACM) 48.3 (2001): 407-430.

Värikoodausalgoritmit

  Color-coding.
  Alon N, Yuster R, Zwick U.
  Journal of the ACM (JACM) 42.4 (1995): 844-856.

  Biomolecular network motif counting and discovery by color coding.
  Alon N, Dao P, Hajirasouliha I, Hormozdiari F, Sahinalp SC.
  Bioinformatics 24.13 (2008): i241-i249.
  doi: 10.1093/bioinformatics/btn163

Vuo verkossa (network flow)

  Maximal flow through a network.
  Ford LR, Fulkerson DR.
  Canadian journal of Mathematics 8: 399-404.

  Network Flows: Theory, Algorithms, and Applications.
  Ahuja RK, Magnanti TL, Orlin JB.
  Upper Saddle River, NJ: Prentice-Hall, Inc.