Tämä sivu koskee lukuvuotta 2005-2006, linjan nykyinen kotisivu löytyy täältä
This page in English

Bioinformatiikan ja laskennallisen biologian erikoistumislinja

Vuonna 2006 aloittaa kansainvälinen Bioinformatiikan maisteriohjelma, jossa tietojenkäsittelytieteen laitos on vahvasti mukana. Kaikkia linjalaisia suositellaan hakemaan tähän ohjelmaan, tässä muutamia syitä:

• Pääaine vaihtuu Bioinformatiikaksi; tulevaisuuden ala, jonka ammattilaisista kysyntää.
• Jatkossa erikoistumislinja tulee sulautumaan maisteriohjelmaan.
• Ensimmäisenä vuonna haku on vielä kansallinen; paremmat mahdollisuudet päästä sisään.
• Ohjelmassa järjestetään erikoiskursseja, joihin voi osallistua vain ohjelmaan hyväksytyt.
• Koordinoitu opetusohjelma; nykyisellään bioinformatiikan ja sen sivuaineiden opetusta järjestetään jo runsaasti, mutta opetus on ripoteltu usealle laitokselle. Ohjelmassa opetus koordinoidaan keskitetysti, jolloin opintojen suunnittelu helpottuu huomattavasti.
• Kontaktit tutkimusryhmiin; ohjelman opettajat toimivat aktiivisesti bioinformatiikan tutkimuksessa, joten mielenkiintoisia gradu-aiheita on tarjolla.
• Opintojen ohjaus; ohjelmalle valitaan koordinaattori, jonka päävastuuna on koordinoida linjan opetusta ja toimia opiskelijoiden tuutorina.

Linjan kuvaus

Nykyaikaiset biologiset tieteet pohjautuvat vahvasti laskennallisiin menetelmiin. Esimerkiksi molekyylibiologian, genetiikan ja ekologian alueilla tarvitaan varsin monimutkaisia laskennallisia menetelmiä, ja uusien menetelmien tarve on jatkuvasti suuri. Bioinformatiikan ja laskennallisen biologian erikoistumislinja kouluttaa tällaisten menetelmien kehittäjiä sekä biologisten aineistojen hallintaan ja käsittelyyn erikoistuneita henkilöitä. Erikoistumislinjan opinnoilla on menetelmällisiä yhtymäkohtia mm. algoritmien, tiedonhallinnan  ja älykkäiden järjestelmien erikoistumislinjoihin; opintojen painopisteen voi valita joustavasti data-analyysin ja bioinformatiikan väliltä.

Linjalta valmistuvat sijoittuvat laskentamenetelmien erikoisasiantuntijoiksi tutkimuslaitoksiin ja yrityksiin.

Tutkimusalat lukuvuonna 2005-2006:

• Rakennebiologian ja systeemibiologian algoritmit (Esko Ukkonen, Juho Rousu)
• Geenipaikannuksen laskennalliset menetelmät (Hannu Toivonen, Heikki Mannila)
• Genomien struktuurin algoritmiset kysymykset (Heikki Mannila, Esko Ukkonen, Marko Salmenkivi)
• Geeniekspression data-analyysimenetelmät (Samuel Kaski)
• Neuroinformatiikka (Aapo Hyvärinen, Jarmo Hurri, Patrik Hoyer)

Katso myös Bioinformatiikka Helsingin yliopistossa yleisesti alla kuvaillun lisäksi.

Tämä sivu koskee lukuvuotta 2005-2006, vanha sivu täältä.

Opetus lukuvuonna 2005-2006

Syksyllä 2005 järjestetään luentokurssit

• Bioinformatiikan perusteet, 6 op, 3 ov (Mäkinen)
• Molecular genetics and gene mapping for methodological sciences,  2ov (Onkamo) HUOM: järjestetään kesällä 2005, ei syksyllä
  
• Biological sequence analysis, 6 op, 3 ov (Ukkonen)

ja seminaari

• Metabolic Modeling, 3 op, 2 ov (Rousu)

Keväällä 2006 järjestetään ainakin luentokurssit

• Computational systems biology, 6 op, 3 ov (Rousu, Holm)
• Modelling of vision, 5 op, 3 ov (Hyvärinen)

ja  seminaari

• Seminar on biological sequence analysis and comparative genomics, 3 op, 2 ov (Ukkonen)

Muualla järjestettävä opetus lukuvuonna 2005-2006

Muissa tiedekunnissa sekä TKK:lla järjestetään myös alan opetusta. Muun muassa seuraavia kursseja suositellaan linjalaisille.

• High-throughput bioinformatics (Kaski, TKK)
• Analysis of proteomic and metabolic data (Kaski, Oresic, TKK)
• Biology for methodological scientists, 8 op (Lääk. tiet. tdk, tammikuu 2006->)
• Practical Bioinformatics, 8 op (Lääk. tiet. tdk, marraskuu 2005->)

Tutkintovaatimukset

Bioinformatiikan ja laskennallisen biologian erikoistumislinja

1. Pääaineopinnot

TIETOJENKÄSITTELYTIETEEN AINEOPINNOT

• 582313 Bioinformatiikan perusteet, 6 op (mikäli ei kuulu alempaan tutkintoon)

584326 SYVENTÄVÄT OPINNOT

• Erikoistumislinjan pakolliset opinnot, 12 op
  • Geenisekvenssianalyysin opintoja, 6 op
  • 582469 Laskennallinen systeemibiologia, 6 op (Kurssin "582469 Laskennallinen systeemibiologia" voi lukuvuonna 2006-2007 suorittaa joko erilliskokeella tai vaihtoehtoisesti suorittamalla kurssit 582605 Metabolic modeling ja 582612 Practical course in microarray data analysis. )
• Valinnaiset linjakohtaiset opinnot, 14 op
  • Erikoistumislinjan verkkosivu sisältää luettelon soveltuvista kursseista (ks. alempana)
• Seminaareja, 6 op
• Vapaasti valittavia tietojenkäsittelytieteen syventäviä opintoja (muita kuin seminaareja), 8 op
• 50131 Pro gradu -tutkielma, 40 op
• 50039 Kypsyysnäyte

2. Sivuaineopinnot

Sivuaineopintoja siten, että ne yhdessä kandidaatin tutkintoon kuuluvien sivuaineopintojen kanssa täyttävät toisen vaihtoehdoista:

Matematiikan tai menetelmätieteiden laajennettu perusopintokokonaisuus (50 op) ja biologisen tai muun soveltuvan aineen perusopintokokonaisuus (25 op)
TAI
Matematiikan tai menetelmätieteiden laajennettu perusopintokokonaisuus (30 op) ja biologisen tai muun soveltuvan aineen opintoja (50 op).

Valinnoista sovitaan erikoistumislinjan vastuuprofessorin kanssa.

3. Muut opinnot

• 582510 Henkilökohtainen opintosuunnitelma (FM-HOPS), 1 op
• 584403 Syventävä harjoittelu tai työelämään orientoivat opinnot, 2-6 op
  • 582511 Tietotekniikka-alan vaativissa ammattitehtävissä työskentely (2-6 op) TAI
  • 581387 Tietotekniikka: Nyt! (3 op) tai muu soveltuva opintojakso
• Vapaavalintaisia opintoja

Suositukset

Bioinformatiikasta valmistuvan on syytä hankkia vankat matematiikan ja tilastotieteen tiedot, sekä perustiedot biologiasta. Vähintään yhteen bioinformatiikan osa-alaan kannattaa perehtyä syventävällä kurssilla. Tämän vahvan perustan hankkimisen jälkeen on mahdollista valita opintojen painopiste joustavasti data-analyysin ja bioinformatiikan välillä, ja toisaalta erikoistua tiettyyn tietojenkäsittelyn alaan tai hankkia yleisemmät tiedot monesta.

Biologista taustatietoa voi hankkia joko lukemalla biologisen sivuaineen, esim. Geneettisen bioinformatiikan perusopinnot sivuaineopiskelijoille (25 op) tai erityisiä menetelmätieteilijöille suunnattuja kursseja.

Tietojenkäsittelytieteen menetelmiin erikoistutaan valitsemalla sopiva kokonaisuus muiden erikoistumislinjojen kursseista.

Lopuksi hankitaan erikoistaitoja bioinformatiikan erikoiskursseilla ja seminaareissa, ja sovelletaan hankittuja taitoja bioinformatiikan tutkimusongelmiin pro gradu-työssä.

Alla luetelluista suosituksista voi poiketa ainoastaan hyvin perustein.

Sivuaineet

Vahvasti suositeltavia ovat vankka matematiikan ja tilastotieteen sivuainekokonaisuus sekä jokin biologinen tiede. Toimiva vaihtoehto on esim:

• Menetelmätieteiden sivuainekokonaisuus (cum laude, väh. 35 ov)

• Matemaattiset apuneuvot I ja II, 10ov
• Diskreetti matematiikka, 5ov
• Todennäköisyyslaskenta I, 5ov
• Johdatus todennäköisyyslaskentaan ja tilastotieteeseen, 6ov (tai Tilastotieteen jatkokurssi, 6ov)
• Loput kiinnostuksen mukaan

Vastuuprofessori

lkv. 2005-2006 on prof. (mvs.) Juho Rousu.

---

Viimeksi päivitetty 15.9.2005 Veli Mäkisen toimesta.