Laitoksen toiminnasta vastaa laitoksen johtaja ja yksi varajohtaja. Laitoksella on johtoryhmä, joka valitaan yliopistovaaleissa joka kolmas vuosi ja jossa on johtajan lisäksi kolme professori-, kolme opettaja- ja kolme opiskelijajäsentä. Vuonna 2008 laitoksen johtana toimi professori Hannu Toivonen ja varajohtajana professori Jyrki Kivinen.

Opetus jakaantuu kolmeen erikoistumislinjaan sekä kahteen maisteriohjelmaan. Erikoistumislinjojen esimiehet vuonna 2008 olivat professori Jyrki Kivinen (algoritmit ja koneoppiminen), professori Lea Kutvonen (hajautetut järjestelmät ja tietoliikenne) ja professori Seppo Sippu (ohjelmistojärjestelmät). Maisteriohjelmien esimiehet olivat professori Juho Rousu (Master's Degree Programme in Bioinformatics, MBI) ja professori Jussi Kangasharju (International CBU Master's Degree Programme in Information and Communication Technology). Laitos osallistuu neljään tutkijakouluun, joita varten on nimetty vastuuhenkilöt (kahdessa tapauksessa sama kuin laitoksella toimiva tutkijakoulun johtaja; vuonna 2008 ComBilla akatemiaprofessori Heikki Mannila ja HeCSellä professori Hannu Toivonen).

Tutkimus on organisoitu tutkimusyksiköihin ja -ryhmiin. Laitoksella toimii kaksi tutkimusyksikköä, Tietotekniikan tutkimuslaitos HIIT (yhteislaitos TKK:n kanssa) ja Suomen Akatemian Algoritmisen data-analyysin huippuyksikkö (Algodan). Tutkimusyksiköiden lisäksi laitoksella on tutkimusryhmiä, jotka toimivat myös yksiköiden sisällä. Sekä HIITin että Algodanin johtajana toimi vuonna 2008 professori Esko Ukkonen.

Hallinto jakaantuu (1) opintohallintoon, josta vuonna 2008 vastasivat opintoesimiehet Hannu Erkiö (jäi eläkkeelle joulukuussa 2008) ja Jaakko Kurhila, (2) yleis-, henkilöstö- ja taloushallintoon, josta vastasi toimistopäällikkö Tiina Väisänen, (3) tutkimus- ja tutkijankoulutushallintoon, josta vastasi tutkimuskoordinaattori Greger Lindén, sekä (4) tietotekniikkaan, josta vastasi tietotekniikkapäällikkö Petri Kutvonen. Lisäksi laitoksella on muun muassa opetuksen kehittämisen, kirjastotoiminnan ja laadunvarmistuksen vastuuhenkilöt.

Vuoden 2008 johtoryhmä

Johtoryhmän kokoonpano kaudella 2007-2009 on seuraava: