Erikoistumislinja kouluttaa bioinformatiikan ammattilaisia, jotka kykenevät ymmärtämään biologisia kysymyksenasetteluja laskennallisina haasteina.  Erikoistumislinjan opiskelijat tutustuvat tämän hetken kuumimpiin tutkimusongelmiin molekyylibiologiassa ja oppivat yleisiä periaatteita ja menetelmiä laskennallisten ongelmien mallintamiseen ja ratkaisuun. Algoritmien ja koneoppimisen perusteiden lisäksi, tutkintoon kuuluu biologiselle datalle räätälöityjä laskennallisia menetelmiä, sekä valinnaisten opintojen kautta tutkinto antaa mahdollisuuden sisällyttää opintoihin varsinaisia molekyylibiologian ja muiden lähialojen kursseja.

Erikoistumislinja toimii sateenvarjo-organisaation tavoin, ja sen opetusohjelma koostuu useiden laitosten ja yliopistojen tarjonnasta. Pakolliset kurssit ovat samat kuin algoritmien, data-analytiikan ja koneoppimisen erikoistumislinjalla ja syventävän bioinformatiikan opinnot on koostettu erikoistumislinjan sisäisestä tarjonnasta sekä Helsingin yliopiston matematiikan ja tilastotieteen laitoksen ja Aalto-yliopiston tietojenkäsittelytieteen laitoksen tarjonnasta. Erikoistumislinja ja sen kumppanit muilla laitoksilla (biometrian ja bioinformatiikan erikoistumislinja, biomatematiikan erikoistumislinja, ja life science technologies ohjelma) tulevat korvaamaan MBI-maisteriohjelman, joka on toiminut vuodesta 2006 samaan tapaan sateenvarjo-organisaationa: MBI toimii edelleen rinnakkain, mutta siihen ei enää järjestetä opiskelijavalintaa.