Bioinformatiikka on tieteenala, joka pyrkii vastaamaan bio- ja lääketieteestä kumpuaviin kysymyksiin tietojenkäsittelytieteen ja tilastotieteen menetelmin. Bioinformatiikan maisteriohjelma (MBI) on Helsingin yliopiston ja Aalto-yliopiston Perustieteiden korkeakoulun yhteinen kaksivuotinen maisterin tutkintoon johtava ohjelma. Ohjelmasta valmistuvat sijoittuvat monipuolisiin tutkimus-, koulutus- ja asiantuntijatehtäviin teollisuuteen, yliopistoihin ja tutkimuslaitoksiin. Ohjelman pääaineopinnoissa perehdytään bioinformatiikan keskeisiin menetelmiin kuten biosekvenssien analysointiin sekä geenien toiminnan mallintamiseen. Sivuaineopinnot sisältävät menetelmä-, bio- ja lääketieteitä. Ohjelman ydinkurssit on suunniteltu tukemaan toisiaan yli oppiainerajojen: esimerkiksi mittaustekniikkakursseilla kerättyä mittausaineistoa voidaan käsitellä menetelmätieteisillä kursseilla. Bioinformatiikan opiskelija oppii hallitsemaan alan kaikki vaiheet laboratoriokokeiden suunnittelusta datan loppukäsittelyyn ja hypoteesien verifioimiseen.

Maisteriohjelman viimeinen sisäänotto oli vuonna 2014, mutta bioinformatiikan opetus jatkuu edelleen Helsingin yliopiston ja Aalto-yliopiston Perustieteiden korkeakoulun alan erikoistumislinjojen yhteistyönä.